從輸入端、設備端和網絡端來看，生物門禁系統相對于傳統門禁系統在系統整體安全性上都有了很大程度的提升。無錫磐石安防科技有限公司事業部經理分析道，傳統門禁/鎖存在著卡被復制、密碼遺忘或者泄露的安全問題，同樣對于指紋門禁/鎖也有指紋偽造的風險，但和復制卡及密碼泄露相比，實施難度大大增加。

例如在設備端，門禁控制一體機對門禁的控制一般都在門外，主要應用在對安全性的要求一般的場合，如單門的控制上，當一體機被物理破壞后門禁才可能會被打開。而對應的門禁控制器+指紋讀頭的方式，門禁控制器一般都是安裝在門內，整體成本及安裝難度雖然有所增加，但安全度相對會高一些。同樣對應指紋鎖，通常也采用MCU+指紋模組的方式，指紋模組用來做生物認證，MCU放在門后來控制鎖控部分，以達到更高的安全級別。

隨著近兩年互聯網+的迅速發展，使得聯網型指紋鎖成為了物聯網智能硬件開發的熱點之一，通過Wi-Fi連接云端與用戶APP進行互動，實時了解訪問狀態，實現遠程開鎖等功能的應用越來越多。對此，，這類應用對聯網鎖的安全性要求越來越高，安全隱患主要有：A、用戶與聯網鎖的相互認證，防入侵功能;B、數據的安全性問題，包括數據傳輸安全及數據存儲安全兩部分。

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